低氮胁迫灯盏花全植株的转录组文库构建及其测序

更新时间:2015-11-09

【摘要】目的 为探寻药用植物灯盏花Erigeron breviscapus 的遗传背景，利用低氮胁迫的灯盏花全植株构建了转录组文库，并利用新一代测序技术进行测序。方法 采用改良异硫氰酸胍-CTAB 法，提取低氮胁迫灯盏花植株及其对照植株的总RNA，经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA 文库。结果 通过测序，低氮和正常样本分别获得3 587 万条和2 582 万条测序读长（raw reads），总数据量超过6 G，碱基错误率低于1%（Q20）的数据分别为98.37%和98.67%。经de novo 组装，总共得到101、156 条Unigene，平均读长768 bp，N50 为1 290 bp，其中44.39%长度超过500 bp。101、156 条Unigene 中，58.86%在公共数据库中比对到相似序列，89.08% Unigene 在Nr 数据库比对到相似序列。得到灯盏花黄酮类合成途径中包括苯丙氨酸解氨酶（PAL）、肉桂酰-4-羟化酶（C4H）、查耳酮合成酶（CHS）、查耳酮异构酶（CHI）、黄烷酮3-羟化酶（F3H）、类黄酮3′-羟化酶（F3′H）、花色素还原酶（ANS）等序列。结论 灯盏花的转录组信息得到较好的保存，为下一步灯盏花遗传环境互作研究及分子辅助育种奠定基础。

【关键词】 灯盏花 低氮胁迫 转录组文库 测序 de novo 组装 Unigene

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